En 1996, se inició la descentralización del Centro con dos programas regionales: uno para la región andina, el otro para África occidental, de habla francés. Es así que el 8 de junio de 2001 se crea la Fundación AGRECOL Andes en Cochabamba (Bolivia) con la participación de varios socios:

• ANAPQUI Asociación Nacional de Productores de Quinua Bolivia)
• APAMI Asociación de Productores de Piña del Margen Izquierdo (Bolivia)
• AOPEB Asociación de Organizaciones de Productores Ecológicos de Bolivia
• COSUDE Cooperación suiza para el desarrollo (con programas en Bolivia, Ecuador y Perú)
• MAGDR Ministerio de Agricultura, Ganaderia y Desarrollo Rural de Bolivia. Actualmente recibe el nombre de MACA (Ministerio de Asuntos Campesinos y Agricultura)
• AGRECOL e.V. Asociación AGRECOL para la promoción de la agricultura sostenible en Africa, Asia, Latinoamérica y Europa oriental (Alemania)
• IDMA-Instituto de Desarrollo y Medio Ambiente, Director Ejecutivo: Juan Vaccari Chávez (Perú)
• Jorge Krekeler, Geógrafo que trabajó muchos años en el departamento “Latinoamérica” de MISEREOR en Alemania.
• Eddy Morales Ingeniero Agrónomo que trabajó en el proyecto pionero del centro de información agroecológico en La Paz. Participó en el consejo consultivo de AGRECOL Andes El año 2004 se incluye los siguientes socios:
• ANPE-Perú Asociación Nacional de Productores Ecológicos del Perú (Perú)
• Oscar Mendieta Ingeniero Agrónomo que ocupó el cargo de gerente de AOPEB.